История государственной санитарно-эпидемиологической службы Российской Федерации началась с 15 сентября 1922 года, когда был издан Декрет СНК РСФСР «О санитарных органах Республики», определивший задачи, структуру и нормы санэпидслужбы, её права и обязанности. Декретом подтверждён государственный характер службы и положено начало созданию специализированных санитарно-профилактических учреждений. За последние годы произошли значительные изменения в организационной структуре учреждений госсанэпидслужбы. Она стала единой федеральной центральной системой органов и учреждений.
Санитарно-эпидемиологическая служба всегда занимала ключевую позицию в системе здравоохранения страны. Ведь именно она обеспечивает реализацию государственной политики в сфере профилактической медицины, стоит на страже здоровья и трудоспособности людей, защищает их от опасных инфекционных заболеваний. Работа специалистов службы многогранна: это профилактика инфекционных и массовых неинфекционных заболеваний, контроль на потребительском рынке, мониторинг и оценка риска влияния факторов среды обитания на здоровье человека.
В 2004 году начался новый этап в деятельности государственной санитарно-эпидемиологической службы. В рамках проводимой Административной реформы федеральных органов исполнительной власти в соответствии с Указом Президента Российской Федерации от 9 марта 2004 года № 314 «О системе и структуре федеральных органов исполнительной власти» и Распоряжением Правительства Российской Федерации № 1024-р от 30 июня 2004 года проведена реорганизация государственной санитарно-эпидемиологической службы путем слияния с государственной инспекцией по торговле, качеству товаров и защите прав потребителей и созданием нового органа федерального контроля – Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека (Роспотребнадзор), вошедшей в состав Министерства здравоохранения и социального развития Российской Федерации. На уровне субъектов Российской Федерации создана структура отличная от ранее функционирующих органов госсанэпидслужбы и представлена органом, осуществляющим контроль за выполнением законодательства Российской Федерации в сфере обеспечения санитарно-эпидемиологического благополучия и законодательства по защите прав потребителей – Управление Роспотребнадзора и учреждения, обеспечивающее деятельность Управления – Федеральное государственное учреждение здравоохранения «Центр гигиены и эпидемиологии». Новые органы на уровне субъектов Российской Федерации созданы в начале 2005 года.
В течение 2012г. в соответствии с Указом Президента РФ от 21.05.2012г. № 636 проводилось реформирование федеральных органов исполнительной власти. Роспотребнадзор перешёл в прямое подчинение Правительства Российской Федерации. В соответствии с Постановлением Правительства РФ за Федеральной службой оставлены функции по контролю и надзору в сфере санитарно-эпидемиологического благополучия, защиты прав потребителей и на потребительском рынке. При этом, на Службу возложены новые полномочия по выработке государственной политики и нормативно-правовое регулирование в сфере защиты прав потребителей.